Dyskryminacja pośrednia lub instytucjonalna występuje wtedy, gdy w zasady funkcjonowania danych instytucji zostaje wpisany nierówny podział praw, obowiązków i możliwości pomiędzy jednostki i grupy. To sytuacja, gdy przepisy prawa, różne regulacje, kryteria albo powszechnie akceptowana praktyka życia społecznego doprowadza do nierównego traktowania wybranych osób w porównaniu do innych w podobnej sytuacji. Niektóre przepisy mogą wydawać się niedyskryminujące i neutralne, czyli niemające nic wspólnego z kategorią pochodzenia etnicznego, wyznania, płci, niepełnosprawności, tożsamości płciowej, itd., jednak stosowanie ich może doprowadzić do nierównego traktowania określonej grupy.

Przykład: Nakazywanie student(k)om z trudnościami z komunikacją w mowie podchodzenia do klasycznego egzaminu ustnego, ponieważ tak zostało zapisane w karcie przedmiotu (o ile nie jest to wymagane charakterem przedmiotu).

Przykład: Nieumożliwianie student(k)om transpłciowym posługiwania się imionami zgodnymi z ich tożsamością na uczelnianych platformach internetowych.